STIEM Bongaya sebenarnya telah lama memulai kiprahnya di bidang pendidikan. Berdasarkan SK Mendikbud RI No. 38/DPT/1972, Akademi Bank Keuangan (ABK) dengan Status Terdaftar didirikan di Makassar sejak Tahun 1972. ABK lahir sebagai Cikal Bakal keberadaan STIEM Bongaya saat ini.
Pada Tahun 1982, ABK memperoleh Status Diakui berdasarkan SK Mendikbud RI No. 039/0/1982. Tiga tahun kemudian ABK berubah menjadi Akademi Keuangan dan Perbankan Bhinneka Tunggal Ika dengan Status Terdaftar berdasarkan SK Mendikbud RI No. 046/0/1985.
STIEM Bongaya mulai eksis bersamaan dengan didirikannya Yayasan Pendidikan Bongaya Ujung pandang (YPBUP) pada tanggal 16 Februari 1985 oleh Prof. Dr. H. M. Idris Arief, MS. Sedangkan Badan Pengurus Harian YPBUP dibentuk pada tanggal 31 Agustus 1995 dengan susunan pengurus yaitu :
Ketua : Prof. Dr. H. M. Idris Arief, MS
Sekertaris : Drs. H. Abd. Halim Ali, B.Sc
Bendahara : Prof. Dr. Hj. Rabihatun Idris, MS
Anggota : Drs. H. Medjang Buang
STIEM Bongaya telah menjalankan fungsinya sebagai lembaga pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat selama 20 tahun terakhir ini.
Dalam menjalankan Visi dan Misinya sebagai Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi di Kawasan Timur Indonesia, sehari-harinya STIEM Bongaya dipimpin oleh masing-masing :
Ketua STIEM Bongaya : Drs. H. Akob Kadir, M.Si
Pembantu Ketua I : Drs. H. A. Agus Salim, M.Si., Ak
Pembantu Ketua II : H. Nur Yahman, SE, M.Si
Pembantu Ketua III : H.Ampauleng, SE, M.Si